Non è chiaro se ti viene chiesta la master password di Thunderbird o la password degli account. Nel secondo caso, nella cartella del profilo cerca il file logins.json e verifica, una volta in Windows ed una volta in Ubuntu, se il file viene aggiornato avviando Thunderbird e inserendo la password richiesta (per esempio verificando la data di ultima modifica)

Edit: qui maggiori dettagli -> https://support.mozilla.org/it/kb/recuperare-dati-personali-da-vecchio-profilo

Buongiorno next, grazie dell'interessamento.

Al momento ho visto che il problema sembra legato soltanto agli account che sincronizzo tramite davmail, di cui ho un'installazione diversa tra windows e ubuntu.

Può esserci un identificativo del server che forza thunderbird a invalidare queste password e a richiedermele?

Direi di no. Nel senso che il server può invalidare una password, ma in quel caso non ti consente di riutilizzarla ma richiede che venga modificata.

Non l'ho scritto prima, ma immagino lo saprai. La convivenza di uno stesso profilo su due sistemi operativi differenti è molto problematica. Forse avresti meno problemi a configurare Thunderbird in modo indipendente su Windows e Ubuntu e poi sfruttare IMAP per sincronizzare i due account.