Soluzione: Aprire le impostazioni di Thunderbird e recarsi nella scheda generale. Cercare la sezione Posta in arrivo. Accanto a Modifica le preferenze per l'icona dell'app premere il bottone Opzioni icona applicazione. Cambiare l'impostazione da Contatore nuovi messaggi a Contatore messaggi non letti.

Li segna non letti ma nella cartella originaria o nel cestino?

Praticamente quando arriva una nuova email nella posta in arrivo e questa viene letta ma non viene segnata come letta perché ho impostato un ritardo nel segnarla come letta di 5 o 10 secondi e l'email viene cancellata come non letta, Thunderbird continuava a dirmi che avevo dei messaggi da leggere ma nella posta in arrivo non c'era nulla.

Stessa cosa se eliminavo un messaggio nella posta in arrivo senza leggerlo, da altro dispositivo.

Cambiando invece l'impostazione come sopra, il problema sembra risolversi. Ora i messaggi cestinati sembra non compaiono come posta non letta nell'icona di Thunderbird che segnala i messaggi nuovi da leggere.

Quando in messaggio viene cestinato, trovo non abbia senso indicare che c'è un messaggio da leggere perché cercando nella posta in arrivo non si trova nulla. Modificando l'impostazione indicata sopra questo problema sembra risolversi.

Scusami, quando postato la domanda non avevo visto che avevi già risolto. Grazie per aver condiviso la soluzione

Grazie a te next. Ci ho messo diversi anni per trovare tale soluzione. Avevo abbandonato Thunderbird per questo "difetto", io lo considero tale.