Olá Rodrigo, tudo bem? O protocolo IMAP mantém a sua caixa de entrada local sincronizada com o servidor de mensagens ao qual você está conectado. Não existe uma forma de você executar uma operação no cliente ou servidor sem que ela não seja espelhada na outra ponta. Dessa forma não é possível que você apague uma mensagem no servidor sem que ela seja apagada também no cliente assim que eles se conectarem (e se houverem vários clientes conectados à mesma caixa todos eles também irão replicar a ação)

O protocolo POP3 permite que você faça isso: tratar cada mensagem como uma cópia independente das outras tanto nos clientes quanto no servidor. Dessa forma você poderia baixar as mensagens para o Thunderbird e em seguida apagá-las do servidor (por fora do Thunderbird, já que nele consta uma cópia não associada à mensagem no servidor).

Não se trata de uma deficiência do Thunderbird ou outro cliente, é como o protocolo iMAP que você está utilizando funciona. Se você for o administrador de TI do local recomendo estudar a migração dessa conta para POP3 para poder se encaixar no seu caso de uso.

Até mais

Marcos, tudo ótimo, Logo imaginei que não seria possível via IMAP. No Thunderbird, tem um opção de arquivar somente mensagens por N dias. Vou criar um cronograma para que salve somente 60 dias, e ver se funciona. Essa conta como ela tem um query no Exchange, não configura de jeito nenhum via pop, que facilitaria demais minha vida. Mas de qualquer forma, obrigado pela dica.