Je to určitě aktualizací prohlížeče? Neprovedla se náhodou třeba obnova Firefoxu? V tom případě bys měl na Ploše složku se zálohou původního profilu. Odtud by se záložky měly dát obnovit/naimportovat do stávajícího profilu Firefoxu.

Pokud nejsou vidět jenom záložky, můžete je zkusit obnovit z automatických záloh.

Jenom pro upřesnění, zmizely všechny záložky, nebo jen ty zobrazované na liště pod adresním řádkem (pokud máte její zobrazování zapnuté)?